新型コロナウイルス（COVID-19）の検査（2月26日時点）

少しこの疾患の概要と検査のことについて記載してみることにします。

日に日に情報が変わるので、最新の情報は自ら調べるようにしてください。

世間を席巻している新型コロナウイルス感染症ですが、感染者の確認検査でPCR（正確にはリアルタイムPCR）が取り上げられている。

PCRは核酸（この場合はコロナウイルス）を抽出し、その鋳型に見合った遺伝子を機械で温度上昇と下降を繰り返しすることで増幅させていくものであるが、リアルタイムPCRは通常のPCRと少し違い、どの回数回せば陽性になったかどうかを確認できる。言わば通常のPCRが定性検査であるが、リアルタイムPCRは定性に加えて定量もできることがある。

核酸抽出においてはコロナウイルスはRNAウイルスなので、結核菌のようなDNAより少しテクニックが必要です。抽出用のキットや機器を利用すれば、慣れると問題ないのでしょう。

1 疾患の概要

今回は新しいコロナウイルスによる新興感染性で、中国武漢で蔓延していたウイルスが拡散している。以前にもコロナウイルスではSARSやMERSがあったが、この２つとは少し様相が違うようです。中国でも当初はリンクしている人たちの間で感染を起こしていたのですが、今はリンクも切れた２次感染も超えて、蔓延している状態です。

潜伏期間は研究により様々ですが、概ね5〜7日とされています。 

中国の発生初期のデータ

ドイツのデータ

日本で初めて感染者が見つかったのは1月16日。あちこちで感染者が見つかってきたのが、1月末でした。

潜伏期間中にも感染力を持つことが知られていますので、仮に潜伏期間を5日と設定すると、

・1月16日であれば１ヶ月経過しているので6世代目

・1月30日であれば20日経過しているので4世代目

となるので、現在見つかっている感染者は最初のオリジナルのウイルス株ではないことは明確です。

基本再生産数（1人が何人に感染させるかの指標）は0.5-5.0。平均すると2.2あたりで1人が2-3人に感染させる能力を持ちます。これは麻疹ウイルスのような空気感染を起こす疾患より感染力が弱く、季節性インフルエンザと大きな差はありません。この数字を見ている限り接触＋飛沫感染による伝播なのでしょう。

上記のことを考えると、

6世代目であれば、当初の感染患者の2の6乗（64倍）も感染者がいることになります。日本の感染者がクルーズ船を除くと82人ですので、index caseを考えると、基本再生産数通りの感染拡大と考えます。１ヶ月後には82X64になるので、5000人を超えている計算になります。しばらくは気が抜けないことや、既に蔓延期になっていると考えて良いので、全国のどの地点でも感染者が出てくると思います。

クルーズ船という特殊条件下では少し高くなるようです。http://www.news24.jp/articles/2020/02/20/07598270.html?fbclid=IwAR2g6vdfSIt60VcW1UIuOTeghgz4pdjdhbM-oGp3uFCr6PGcTGqI_4Ua5Q8

https://ja.wikipedia.org/wiki/基本再生産数
https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.4.2000058
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316

この疾患は子供での感染例が少なく、成人に多いのが特徴です。特に高齢者が罹患すると死亡率が高く、循環器疾患を持つ患者の場合はさらに死亡率が高いことがわかっています。

 

2. PCRの感度より胸部CTの感度が高い

感染初期にはウイルス量が少なく、検査をしても陰性になる時期があると言われています。100%の感度と特異度を同時に維持できないのが臨床検査の特性ともなるのですが、肺炎を起こしているが鼻腔や咽頭では陰性になることを考えると肺で特異的に増殖するウイルスかも知れません。

PCRの感度は77％という報告があります。

 

3 採取部位は鼻腔の方が感度が高い

PCRを行うのは、喀痰が良いと思いますが、初診時には咽頭粘液や鼻腔分泌物を検体とすることが多いようです。

最近の報告を見ていると咽頭粘液より鼻腔分泌物の方が感度が高いようです。リアルタイムPCRの解離曲線も少し早いようです。

また、糞便からも検出されている例もあります。病期により採取部位を工夫すると検査感度が上がるような気がします。

結局、診断には未だ不確定要素も多く、今後も解析されていくと思います。

4.誰にするのか？

今のところ有症状の場合でも限定的みたいです。

 

無症状の場合でも陰性確認が必要なようです。

 

５.結局どこまで陽性になるのか。

PCRは検査感度が良いようなイメージであるが、検査前確率が高いと良い検査のイメージを持ってしまうが、検査前確率がまだまだ低い場合には空振りが多く、検査に対して良いイメージを持たないことがある。

 

クルーズ船は陽性者が多いかんじがします。

６.検査をする場合の感染対策

検査をする場合にサージカルマスクにするのか、N95マスクにするのか。また、PPEはどこまで着用するのか。

単純にインフルエンザを疑った検査でもPPEを着用しないといけないのかなど現場では色々と話が出ていることと思います。

現在のデータを見ていると飛沫感染対策になりますので、サージカルマスク対応になると思います。

インフルエンザ検査もそうですが通常はPPE＝サージカルマスク＋ガウン（またはエプロン）＋ゴーグル＋手袋で対応することになっていると思いますが、皆さんの施設ではどうでしょうか。抽出試薬に懸濁する場合に飛沫が飛ぶ可能性もありますし、ドジって液を溢したり、綿棒が転がったりなどすることもあります。上記のPPEに加えてアルコールによる清掃が直ぐにできるように消毒薬も配備すべきでしょうね。手袋を脱いだ後も手はアルコールで消毒しましょう。

できれば安全キャビネット内で実施することが良いですが、施設の設備や運用方法により異なるので、そこは内部調整が必要と思います。

１つ言えることは、日常の感染対策は今までのものが応用できることです。この機会に感染防止の基本を検査室内で共有してみてはいかがですか。

 

http://www.kansensho.or.jp/uploads/files/topics/2019ncov/covid19_mizugiwa_200221.pdf?fbclid=IwAR2uJ2_IrzwlVb9ldKEsYs2mITrkayy0OlT-1UX-QnWPA6h90kgCiwfJG78

感染対策をしている皆様、毎日お疲れ様です。今の時期が大切です。

日頃実施している感染対策の見直しができると思いもう少し頑張ってください。